L'intervento della manovra agisce da due diverse posizioni.
Da un lato il comma 36-bis, apportando modifiche all'articolo 1 comma 460 della l. n. 311/2004, innalza dal 30% al 40% la quota di utili netti delle cooperative che deve in ogni caso essere assoggettata a tassazione IRES per le cooperative a mutualità prevalente e loro consorzi diverse dalle cooperative agricole (e loro consorzi). Il medesimo comma innalza dal 55% al 65% la quota parte di utili netti soggetti a tassazione per le cooperative di consumo e loro consorzi.
L'aumento della tassazione prevista dal comma 36-bis non coinvolge quindi le cooperative agricole che continuano ad assoggettare a tassazione almeno il 20% degli utili netti annuali, e le cooperative sociali per le quali resta l'esenzione da imposte e la deducibilità delle somme previste dall'articolo 11 della legge 31 gennaio 1992, n. 59 e successive modificazioni
Il comma 36-ter invece introduce una limitazione all'esenzione dal reddito delle cooperative delle somme destinate alla riserva minima obbligatoria prevista dall'articolo 2545-quater del codice civile il quale impone l'attribuzione alla riserva legale di un importo pari ad almeno il 30% degli utili netti annuali. Ai sensi del comma 1 dell'articolo 6 del decreto-legge 15 aprile 2002, n. 63, convertito, con modificazioni, dalla legge 15 giugno 2002, n. 112, modificato dal citato comma 36-ter, l'esenzione totale ai fini IRES dell'utile accantonato a riserva obbligatoria è stata ridotta ad un'esenzione parziale pari al 90%.
Tale inasprimento dell'imposizione è invece applicabile a tutte le cooperative a mutualità prevalente comprese le cooperative agricole e le cooperative sociali.
Le norme della manovra non intervengono invece sulle ulteriori agevolazioni previste dagli articoli 10 e 11 del D.p.r. n. 601/1973 rispettivamente per le cooperative agricole e della piccola pesca e per le cooperative di produzione e lavoro (per queste ultime con la limitazione al reddito imponibile derivante dall'indeducibilità dell'IRAP ai sensi dell'articolo 1 comma 462 della l. n. 311/2004).
Nessuna delle modifiche introdotte dalla manovra coinvolge le cooperative diverse da quelle a mutualità prevalente le quali godono della sola esenzione della quota del 30% degli utili netti annuali a condizione che tale quota sia destinata ad una riserva indivisibile prevista in statuto, come stabilito dall'art. 1, comma 464 della legge 311/2004.
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