Le anomalie (che possono presentarsi anche in presenza di "congruità" agli studi di settore) potrebbero essere dovute all'omessa o non corretta indicazione di dati per l'applicazione degli studi. Le più ricorrenti riguardano:
incoerenze relative alla gestione del magazzino; incoerenze tra rimanenze finali ed esistenze iniziali; incoerenze relative ai beni strumentali; incoerenze relative all'incidenza dei costi residuali di gestione sui ricavi o compensi; incongruenze nei dati indicati relativi alla presenza di soci, percentuale di lavoro prestato, assenza di altri addetti e numero giorni di apertura; mancata o errata indicazione di dati fondamentali nel modello degli studi di settore; indicazione in dichiarazione della causa di esclusione "7" dall'applicazione degli studi per tre periodi d'imposta consecutivi; imprese che hanno indicato incongruenze relative al costo del venduto; imprese che hanno indicato utili spettanti agli associati in partecipazione con apporto di solo lavoro e non hanno indicato il numero e/o la percentuale di lavoro prestato dagli associati; imprese che hanno indicato spese per la locazione di immobili e hanno omesso di indicare le relative superfici delle unità locali utilizzate; soggetti che presentano incongruenze tra i dati indicati nel quadro F - Elementi contabili e quelli corrispondenti dichiarati nel quadro T - Congiuntura economica; imprese che presentano incongruenze tra studio di settore presentato e dati strutturali indicati ai fini dell'applicazione degli studi di settore.Le comunicazioni di anomalia sono inviate agli intermediari delegati al momento della presentazione della dichiarazione dei redditi; un invito ad accedere al proprio cassetto fiscale arriverà agli indirizzi di posta elettronica certificata (Pec) attivati dai contribuenti e via mail o sms, nel caso dei soggetti direttamente abilitati ai servizi telematici delle Entrate.
I contribuenti, in relazione alle comunicazioni di anomalie ricevute, potranno fornire chiarimenti e precisazioni utilizzando gli specifici software gratuiti resi disponibili dall'Agenzia delle Entrate. In particolare, è disponibile una applicazione che consente di inviare telematicamente:
la segnalazione di imprecisioni ed errori riscontrati nei dati riportati nella comunicazione di anomalia; le motivazioni che hanno determinato l'anomalia riscontrata.Qualora i contribuenti riconoscano invece la presenza di un errore, potranno regolarizzarlo ricorrendo all'istituto del ravvedimento operoso.